Base64エンコードで最も多いミスは、文字エンコーディングの不一致です。同じ日本語テキストでも、UTF-8とShift_JISでは生成されるBase64文字列が全く異なります。デコードした結果が文字化けする場合は、エンコード時の文字エンコーディングを確認してください。
URL内でBase64を使用する際、標準形式の+や/をそのまま使ってしまうミスも頻繁にあります。URLのクエリパラメータでは+がスペースとして解釈されるため、データが破損します。URLでBase64を使う場合は、必ずURLセーフ形式を使用してください。
パディング文字の=を削除して渡すと、デコード側でエラーが発生することがあります。システム間でデータをやり取りする際は、パディングの有無を統一しておくことが重要です。また、改行コードの違いも問題を引き起こす原因になります。LFとCRLFの違いでBase64の結果が変わるケースがあるため、入力データの改行コードにも注意を払いましょう。