エンコーディング変換で最も一般的な間違いは、変換元のエンコーディングを誤って指定することです。Shift_JISのファイルをEUC-JPとして変換すると、文字化けが発生します。自動検出機能を信頼しすぎず、結果を必ず確認してください。
2つ目のよくある間違いは、変換前にファイルをテキストエディタで開いて保存することです。テキストエディタは無意識にエンコーディングを変更する場合があります。変換ツールに直接ファイルをアップロードするか、コピーペーストで処理してください。特にWindowsのメモ帳はデフォルトでShift_JISで保存するため注意が必要です。
3つ目の間違いは、変換後のファイルのcharset宣言を更新し忘れることです。HTMLファイルのエンコーディングを変更した場合、<meta charset>タグも合わせて更新しないと、ブラウザが正しくページを解釈できず、文字化けが発生します。変換作業の最後に、charset宣言の更新を必ず確認してください。